II wojna światowa

Gdy wybuchła II Wojna Światowa, Pużak znajdował się w Warszawie. Po zakończeniu kampanii wrześniowej zdecydował się on na rozpoczęcie działalności konspiracyjnej. 26 września Warszawski Okręgowy Komitet Robotniczy PPS, na wniosek Zygmunta Zaremby, rozwiązał swoją działalność. Dopiero po kilkunastu dniach od decyzji Komitetu Wykonawczego przywrócono działanie partii, przechodząc jednocześnie do konspiracji. Organizacja otrzymała nazwę Centralne Kierownictwo Ruchu Mas Pracujących Miast i Wsi – Wolność, Równość, Niepodległość. Ukazywało się również specjalne pismo WRN, które poznano pod tytułami „Informator” oraz „Tydzień”. Pużak pełnił wtedy funkcję sekretarza generalnego, przewodniczącym został Tomasz Arciszewski, natomiast Zaremba był odpowiedzialny za propagandę. Jednocześnie poza granicami kraju rozwinął działalność Komitet Zagraniczny PPS. Dzięki aktywności przywódców partii udało się utworzyć Gwardię Ludową, która w 1940 roku miała swoje siatki w największych miastach Generalnego Gubernatorstwa. Mimo powstania WRN, część byłych działaczy PPS pozostawała poza sferą wpływów Pużaka i Zaremby, decydując się na działalność na własną rękę. Efektem tych działań było niewątpliwie powstanie organizacji Polscy Socjaliści, opozycji dla WRN. Pużak objął stanowisko komendanta Gwardii Ludowej, bojówek PPS-WRN, co dało mu zwierzchnictwo nad najsilniejszą reprezentacją zbrojną jego ugrupowania i niewątpliwie podniosło jego prestiż jako podziemnego przywódcy.Wiosną 1944 r. prezydent Raczkiewicz nominował go na swego następcę, przygotowano lotniczy przerzut do Londynu. „Bazyli”, bo taki miał pseudonim konspiracyjny, w rozmowie z Emisariuszem „Jurem” oświadczył jednak: „Moje miejsce na złe i dobre jest z polską klasą robotniczą, a nie w emigracyjnym Londynie”. 
Pużak odegrał rownież ważną rolę w Powstaniu Warszawskim. Wziął w nim udział jako dowódca Organizacji Wojskowej Pogotowia Powstańczego Socjalistów. Jak jednak wspominał Zaremba, „Pużak nie podzielał naszych nastrojów. Mówił o niebezpieczeństwach rozpalenia walki bez pewności, czy Czerwona Armia przyjdzie z odsieczą i nade wszystko – bez zapewnienia wystąpieniu zbrojnemu /.../ osłony z powietrza. /.../ lepiej od nas widział niebezpieczeństwa”.

Proces szesnastu
18 czerwca 1945 rozpoczął się proces szesnastu porwanych przez NKWD przywódców Polskiego Państwa Podziemnego.
21 lutego 1945 Rada Jedności Narodowej - parlament Polski Podziemnej, mimo sprzeciwu rządu emigracyjnego, postanowiła uznać ustalenia konferencji jałtańskiej. Polacy wierzyli, że dojdzie do demokratycznych wyborów, które pozwolą wybrać rząd "jedności narodowej", niezależny od władzy radzieckiej.Podjęto rozmowy z Rosjanami. 4 marca 1945 odbyło się w Pruszkowie wstępne spotkanie delegacji AK z płk Pimienowem, pełnomocnikiem gen. Iwana Sierowa, który jak się później okazało odpowiadał za zbrodnię na polskich oficerach w Katyniu. Pimienow zapewniał, że strona sowiecka ma uczciwe zamiary. 
Sowieci oczywiście obietnicy nie dotrzymali. 27-28 marca 1945 w Pruszkowie funkcjonariusze NKWD podstępnie aresztowali szesnastu przywódców Polski Podziemnej, po czym wywieźli ich specjalnym samolotem do Moskwy i osadzili w więzieniu na Łubiance. Wśród nich znalazł się Kazimierz Pużak. Przez 3 miesiące przetrzymywany w ciężkich warunkach, przesłuchiwany ponad 140 razy, głównie odmawiając zeznań. W oparciu o sfingowane dowody zarzucano mu działalność dywersyjną na tyłach Armii Czerwonej i współpracę z hitlerowcami. Jak wspominał, „robili wszystko, żeby z zaszczytnego i wielce zasłużonego miana postępu europejskiego o Polakach – że co Polak, to rewolucjonista – (...) przedstawić [nas] jako faszystów”. W kończącym tę tragifarsę tzw. procesie szesnastu Pużaka skazano na półtora roku więzienia.


źródła:
https://www.polskieradio.pl/39/247/Artykul/1432216,Kazimierz-Puzak-obowiazek-trzeba-spelniac-do-konca

http://www.sww.w.szu.pl/index.php?id=biografia_kazimierz_puzak